这主要是因为日元纸张属于合成纸张，在制造过程中掺入日本特产三桠树皮浆，坚韧有特殊光泽，声音清脆，呈浅黄色，面额越大颜色越深。同时，采用防复印油墨，大写面额及人物肖像所用油墨带有磁性。
据民间传说、每一张日本的真实造价跟面额都是等值的。也就是说、如果想要仿制一张几乎难辨真伪的日元假钞，那所付出的造价也几乎等于真钞的实际价格。
在图示中，专门提到了全息图案、条码水印、折光影像、头像水印、防反复印圆点、盲文标记、珠光油墨等防伪点。
另外，2004年11月，日本银行发行的1000日元、5000日元和1万日元新系列钞票，与2000年版2000日元钞票相比又增加了条码水印，改进了光变防伪措施。5000日元和1万日元钞票采用全息图膜，1000日元钞票采用凹印隐形面额数字上叠加珠光油墨印制的技术，从不同角度观察面额数字效果不同。